钱穆在云南的岁月
1938年秋后，西南联大文学院从蒙自迁回昆明，钱穆除回校上课外，其他时间则卜居宜良山中，撰写《国史大纲》。
10月底，钱穆与吴宓等人乘滇越火车回昆明。火车经过宜良时，他与，姚从吾、沈有鼎等人下车，在此小住，因爱此山水，决定以此作为今后的撰述之地。
宜良在昆明东南，距市区约70多公里，是云南的山水胜地。宜良西郊有，一山状若卧狮，人称伏狮山。岩间清泉，昼夜淙淙，因山水故，又名岩泉山。山中有一寺名岩泉寺，分上、下寺。钱穆最初居上寺，寺中有一小楼，是宜良县长的别墅，通过一友人相助，钱穆借居于此，闭门从事著述。
宜良县岩泉寺
钱穆在岩泉下寺，除早晚散步，饱览宜良山水外，尽日在楼上埋首写作，入夜则看《清史稿》数卷，才入睡。他每周去昆明讲课3日，周日下午，返寺后，携《陶渊明诗》一册，一路吟诵，去寺东8里的温泉浴茶。“陶诗一册，反复朗诵，尽兴始去”。星期日下午不能去，则改为星期一上午去，晌午方离，转到宜良县城进午饭，然后至县立中学访其校长，向县中图书馆借阅二十五史、十通等古籍，“每周来更换”。钱穆后半年居岩泉上寺，寺为一道士院，道士特辟出楼上为其居住。楼下阶前有清泉，围砌成两小潭蓄水，潭有两尺多宽，清泉映白瓷，莹洁可爱。这里环境清幽，是读书著述的绝好地方。钱穆居上寺后，心情较下寺更为愉快，尽日操笔，写作极快。他晚年回忆起当年的写作环境时称此段生活有如“仙境”一般。
钱穆在宜良岩泉寺写作《国史大纲》旧址
《国史大纲》出版前，钱穆先撰有“引论”一篇，发表在昆明版的《中央日报》上，颇得陈寅恪的称道。当时浙江大学教授、中央研究院评议员张其昀到昆明出席议会，碰到陈寅恪，陈告诉他最近昆明报刊上有一篇大文章值得一读，这便是钱穆的新作《国史大纲·引论》。张其昀也是钱穆多年相识，引为知己的老友，他很想见见钱穆，但钱穆当时卜居宜良从事著述，周末才返昆明上课，于是张氏决定赴宜良山中拜访。一日傍晚，张其昀抵岩泉下寺，老友相见，分外高兴。钱穆在地板上铺床被，“两人连席而卧，作长夜之谈”。
宜良在昆明东南70余公里处，从昆明乘火车需半日路程，抵宜良火车站又有田间小路8里，始达岩泉寺。张其昀不顾路途遥远，山中颠簸，只身造访，令钱穆感动不已。四十多年后，他在一篇怀念张其昀的文章中仍念念不忘，“晓峰远道只身来，浓情蜜意，终生不能忘。”
1939年6月，钱穆完成了《国史大纲》的写作。从1938年5月在蒙自，开始撰写，到第二年6月全稿杀青。书成后，他曾致书友人述其撰述之不易，“细针密缕，既苦书籍之未备；大刀阔斧，又恨精神之不属，盖此书属稿中之实况也。”
当时昆明屡遭空袭，钱穆怕书稿毁于战火，决定把书稿交商务印书馆出版。此时商务印书馆已由上海迁往香港。1939年暑假，钱穆与汤用彤同行，由河内至香港，将携带的书稿亲自，面交王云五，望其尽快付印。王氏答应，书仍由上海商务旧厂印行。当时规定，书籍著作须经政府审查后方可出版。审查共分三类：
其一，审查通过即出版；
其二，依照指示改定后才出版；
其三，遵照指示改定后，必呈请再审。
上海商务旧厂将《国史大纲》稿，送重庆审查，批回属第三类。批示称，此书出版，当获国人重视，故尤当郑重，并要求把“洪杨之乱”改为“太平天国”，将此章内容重新改写。商务得批示后，不知钱穆已回苏州省亲，发函至西南联大。因久不得复，付印搁置下来。
钱穆在苏州，因久不闻书稿出版，遂亲往上海商务旧厂探询，得知审查，意见。钱穆认为洪杨起事与民族革命不同，如要改写，可由审查处自己加以，改定。审查处得函，乃批示照原稿印行，如此延误近半年，至1940年6月始获出版。
1945年9月3日，经过14年浴血奋战的中国人民，终于驱逐日寇，重光国土，取得抗日战争的胜利。抗战胜利后，钱穆患病在身，仍留川任教，住华西坝一年。1946年夏，他决定东归，原计划与学生洪廷彦、郦家驹一道经宝鸡、徐州、南京回苏州，后因友人购得一张飞到南京的机票，遂改变绕道陕、豫东归的行程。钱穆7月12日离开成都赴重庆，然后由重庆飞南京，再由南京转苏州，于当月23日回到苏州新桥耦园家中。
9月25日下午，钱穆由苏州赴无锡，与无锡县中校长施之勉，以治老庄哲学闻名学界的老友蒋锡昌会面，并接受记者采访。第二天上午九时，在无锡师范作演讲，听讲的对象多为中小学教师，高中二三年级学生，所以最初演讲题目定为“怎样研究史学”，但在演讲的那天钱穆临时把讲题改为“中国的文化问题”。他在演讲中把世界文化分为农耕、游牧、商业三种类型，称“就农业文化上说，中国是世界上的老大哥；就科学上说，中国还是一个小弟弟。他的前途，实在未可限量”。他在演讲的最后大声疾呼：“中国前途自有其光明，近百年的屈辱，实不足为病。在此种历史潮流中，中国青年负有重大的责任与光荣之使命，希望各位勉力以赴。”
抗战胜利后，西南联大完成了它的历史使命，北大、清华、南开三校复员北迁，国民政府任命胡适为北大校长。由于胡适远在美国未归，由傅斯年代理校长之职，负责北大接收、复员和北迁工作。当时旧北大同仁不在昆明的，都得到了傅斯年的信函邀请返回北平，钱穆却不在受邀之列。
钱穆先生
1930年代钱穆任教北大，与傅斯年的有意相邀不无关系。钱穆早年以考据成名，新考据派的领袖傅斯年曾把他视为该派的同志，钱穆对新考据派重建古史的工作也曾寄予厚望，在北大任教期间，二人彼此往来问学，还保持了不错的关系。但钱穆主张治史贵通，他追求的主客统一、情理合一的史学路向，与史料学派主张治史贵专，追求纯客观的实证研究又大异其趣。在西南联大时期，随着钱穆自己史学理论体系的日渐成熟，他对新考据派治史方法的批评不断见诸笔端，特别是在《国史大纲·引论》中对该派的激烈批评，自然会引起他们的强烈抗议。
据钱穆回忆，《国史大纲》出版后，张其昀在重庆向傅斯年询问对此书的看法，傅斯年当时的反应是“向不读钱某书文一字”。又问及书中关于中西史学比较、中西文化比较的看法，傅斯年嘲笑道：“钱某何得妄谈世事，他那点西方知识，不过是从《东方杂志》得来的。”言外之意，没有留学欧美背景的苦学者钱穆对西方文化知之不多，是不配在这一问题上大发议论的。1930年代初，傅斯年把没有大学文凭，没有留学背景的钱穆请进北大，对他的学问推崇有加，显示了博大的胸怀和雅量，在中国现代学术史上书写了一段佳话。40年代初，他因钱穆不留情面的批评而愤怒不已，公开宣称“钱某著作，我不曾寓目其一字”。而钱穆对傅斯年情绪化的批评也有强烈反应，“彼之深斥于我，特以我《国史大纲》，于我国家民族历史传统多说了几句公平话。彼之意气激昂，锋芒峻锐有如此，亦使我警悚之至。”
钱穆在《国史大纲·引论》中对史料学派的批评，标志着钱穆与该派正式分道扬镳，同时也把他与该派领袖傅斯年在治学上的分歧和矛盾公开化，从此以后，两人在1930年代前半期那种引为同道、讨论问学的局面至此画上了句号。
抗战胜利后，钱穆不在北大受聘之列。其实，钱穆并不是不想重返北大执教。在西南联大时，同事陈梦家劝他撰写《国史大纲》，钱穆以流亡播迁之中，资料不全，恐难完成而加以婉拒。他说等日后平安返故都北平后，“乃试为之”。而且他在北大任教时购买的5万册书仍放置北平，托人保管，一直到抗战胜利后都未南运苏州家中，这说明他对北平这个文化古都、学术中心还是很看重的。由于抗战中钱穆不断对傅斯年一派的治史方法作批评，傅氏对于来自钱穆的攻击自然不会高兴，两人之间的积怨加深，北大复校，钱穆不在受聘之列，个中的原因也就不难理解了。
钱门弟子严耕望在谈到他的老师与民国时期考证派主流巨子的关系时有这样一段话令人深思。他说：“先生以一个中学教员骤跨入大学任教授，而对于当时学术界当权者，毫无逊避意，勇悍的提出自己主张，与相抗衡。此种情形，只有顾颉刚先生的胸怀雅量能相容忍，一般人自难接受。好在先生讲学深得学生欢迎，而北京大学自蔡元培先生以来又有容纳异议的传统；否则很难讲得下去！后来离开西南联大，据说仍与此点有关！此后先生声望益高，超出等伦，更足招忌。所以学派对垒，也有人际关系，思之慨然！”
钱穆虽然未重返北大，好在此时他早已望重学林，北大拒聘，自有其他高校争聘。钱穆对学术界的门户之见已有深刻体认，决定退居边缘，“力避纷扰”。此时，滇人于乃仁、于乃义兄弟在昆明筹建五华学院，托钱穆的学生李埏代为敦请。钱穆素爱昆明的气候、风景，于是欣然应允，再入滇中。
昆明五华书院旧景
昆明旧有五华书院，为明嘉靖年间巡抚王启创建，院址设在昆明之西北。清雍正间，云贵总督鄂尔泰始迁于昆明城内五华山麓。自明迄清，三百多年，主持讲学者，如浦起龙、苏霖渤、张甄陶、刘寄庵、黄矩卿等，皆文行交修，一代耆硕。尤其是刘寄庵为五华山长时，桃李盈门，昆明戴云帆、呈贡戴古村、楚雄池籥庭、太和李即园、云州杨丹山皆出其门，有“五华五子”之誉。民国后推行新学制，五华书院歇讲，社会贤达于乃仁、于乃义兄弟决定筹建“私立五华学院”，以承继五华书院的讲学精神。
于乃义，字仲直，自幼好学，曾从滇中前辈学者袁嘉榖、秦光玉等人治国学，亦治佛学。当时主持昆明云南省立图书馆，有志于中国学术思想的研究。其胞兄于乃仁，字伯安，善货殖，抗战时在滇缅公路上从事运输，集资巨万。于是有意捐资兴学，助其弟创办五华学院。1946年7、8月间，于氏兄弟两次致信钱穆，诚恳相邀。钱穆对中国现代教育制度受西方影响太深，学科分门别类，太过支离破碎多有批评，他向往宋明以来的书院制度，以及书院制度下的人格教育，故对于氏兄弟的办学之举深表赞同。他在回信中说：
“回忆昔年薄游滇疆，深爱其山水之清淑，士风之耿介，每谓斯土，风气久郁，昔日人文之美，殊未足以尽其蕴藏，将必有昭苏畅发之一日。今者诸君子有志斯文，抒此宏愿，将来风声所播，观感所及，殆非仅滇南一境士风学术之所系命，亦将为全国文化新倡导。”
抗战胜利后，西南联大等迁滇大学与学术机构陆续复员离去，昆明高等学府仅存云南大学。云南大学文史系主任方国瑜听说五华学院请钱穆入滇讲学，也有意相聘，也托李埏代为敦请。1946年11月26日，钱穆乘中央公司40号机由上海飞昆明，中途因机件故障，折回武昌机场降落修理，于次日抵达昆明。五华学院筹备委员于乃义、周介清、方国瑜、李埏、周锡年及昆明教育界数十人到机场迎接，欢迎钱穆再度南来。
五华学院以“发扬中国文化，推进科学研究”为办学宗旨，设有文科研究所、文史研究会、植物研究所等研究机构。文科研究所内设研究员，并收研究生，计分历史、语言、人类学、社会、文学五部门，由钱穆担任研究所所长兼导师。于乃仁在《五华学院创立之宗趣与实践》中说：“文史部门，敦聘钱宾四先生为之领导研究。宾四先生侨居锦里，授教上庠，慨然允学人之请，策杖南来，此予同人以极大之鼓励，而于学术文化之前途，关系至巨也。乃仁从诸先进之后，受命创作始筹维之工作，深感于百年之大计，洵非一蹴而就。而端其趋向，正其本源，宾四先生殷殷勖勉，所为拳拳服膺而弗失之矣。”
五华学院分北院、南院两处，北院在昆明大西门外龙翔街，与昆华工校相邻，有一大礼堂名“学山堂”，校训“格致诚正，修齐治平”一匾即悬挂在“学山堂”内。南院在翠湖公园，中文、外语、历史、物理、地质五系在此上课。钱穆在五华学院主讲中国思想史，共32讲。最初在翠湖昆华图书馆讲授，后因听课的人太多，上课地点后来转移到容纳人数较多的学院礼堂“学山堂”进行。中国思想史前六讲（上古、孔子、孟子和其他儒家、墨子、道家、名家）由于乃义记录整理，发表在1947年1月创刊的《五华月刊》上。钱穆在给于氏兄弟的信中说：“夏前所讲思想史稿务希仲直（于乃义）抽空记出，此乃穆在滇一年惟一之成绩，并可为五华留作纪念，切盼早日整理成书。”
钱穆在五华任教时，还为学校聘请了李源澄、诸祖耿等人前来任教。五华学院初创时，师资力量亟待加强，钱穆为学校和云南大学推荐了蒙文通、李源澄、诸祖耿三人。他在致于乃仁、于乃义兄弟的信中说：“蒙文通、李浚清、诸祖耿三先生，穆正为云大洽聘。祖耿为两弟所熟稔，蒙文通先生乃穆卅年老友，早岁从学于廖季平、刘申叔之门，李浚清亦季平晚年弟子，又曾问学于章枚叔，若学院方面能与云大合聘此三君，则较之穆一人之来所胜远矣。穆已函告方国瑜先生，盼就近相商，径函川中，穆亦当由此径函蒙、李两先生代为速驾也。”钱穆离开昆明回无锡后，仍然十分关心五华学院的发展，曾给于氏兄弟去信询问李源澄、诸祖耿二人是否仍在学校，“盼能留住，勿迁出，对学生精神上裨益实大。课务方面，亦盼时时与两君洽商。”对五华学院关心依旧。
诸祖耿与钱穆同为无锡人，钱穆早年在无锡乡间任教时，就与之相识。1930年代前期，章太炎在苏州创办章氏国学讲习会，宣讲国学，诸祖耿前往第八章往返昆明、无锡间（1946—1949）问学，“颇得亲近”。诸祖耿与钱穆数度为同事，交谊深厚。在五华期间，两人多次同游翠湖，畅谈古今。有一次，两人在翠湖赏月，漫步湖堤之上，夜深不归。回宿舍时，院门已闭，于是两人投宿旅店，作长夜之谈。诸祖耿欣然作诗以记其事：
壶天一碧了无痕，淡缀疏星拱玉盆。
瞥见树阴圆又椭，却愁归院不开门。
旅店鼾声四壁雷，望门投止亦佳哉。
一清曾濯冰壶魄，讵羡黄梁好梦来。
后来诸祖耿在怀念老友的一篇文章中也回忆道：“昆明翠湖是全国数一数二的风景名区，湖光潋滟，柳色朦胧，长堤小桥系带其间。一天，我们课余膳毕，趁着朗月初升，同步堤上，来回往复，畅谈胸怀。圆月蒙头，垂影成璧，清光西斜，身影渐长，忽闻邻鸡破晓，犹不知疲。至今思之，情犹可念，真是平生友朋难得之乐也。”钱穆晚年寄居台北，曾托长子钱拙去看望诸祖耿，并将近照带给老友，诸祖耿看后作诗道：“养气存神志自持，如闻警效慰长思。东南海水一衣带，不隔昌黎双鸟诗。”以此来表达对老友的思念。
钱穆在五华讲学，又在云大兼课，讲中国文化史。两校相距甚近，学生皆两处听课，无异于同时修了两门课。五华学院非常重视文史学科，早年筹建之初就创设五华文史研究会，以研究文史学科、整理西南文献、养成朴实学风为宗旨，邀请雷海宗、罗常培、贺麟、罗庸、刘文典、白寿彝、姜亮夫等大批名流作演讲。1947年8月，五华学院创设人文科学研究班，以钱穆为研究班主任导师。为此，钱穆还亲自拟定人文研究班“三年修业纲领”，开了一份“文史书目举要”，分阅读、讲论、撰述三部分。其中阅读分导读、自读两种，导读由教师辅导研读，精读之书开有《周易》《尚书》《诗经》《左传》《小戴礼》《论语》《孟子》《墨子》《庄子》《老子》《荀子》《史记》《汉书》《通鉴》《通典》《楚辞》《文选》《陶渊明集》《杜工部集》《韩昌黎集》《苏东坡集》《古文辞类纂》《说文解字》《近思录》24种。钱穆自任《左传》一课，由李埏代为辅导。
钱穆在昆明，还见到了昔日在西南联大的同事刘文典和罗庸两人。刘文典（1889—1958），字叔雅，安徽合肥人。早年师从章太炎、刘师培、陈独秀等人，参加过同盟会，作过孙中山的秘书。1929年，刘文典到清华大学任国文系主任，并在北大兼课。30年代钱穆在北京大学任教，亦在清华兼课，与刘文典相识。他在晚年的《师友杂忆》中对刘文典有这样一段回忆：“刘文典叔雅，余在北平时为清华同事。住北平城中，乘清华校车赴校上课。有一年，余适与同车。其人有版本癖，在车中常手挟一书阅览，其书必属好版本。而又一手持烟卷，烟屑随吸随长，车行摇动，手中烟屑能不坠。”刘文典在北大讲《庄子》，公开宣称在中国真正懂得《庄子》的，只有两个人，一个是庄周，另一个就是他刘文典，其狂傲的性格在北大教授中，只有前辈学者辜鸿铭可与之媲美。刘文典晚年丧子，情绪低落，常常借吸鸦片烟来消解心中的忧愁。听说钱穆到昆明，他一改过去除上课外足不出户的习惯，只身徒步来访。两人畅谈学术、轶事，“每语，必移晷而别”。
罗庸，字膺中，是北大中文系教授。北大复员北平，他留在云南大学任教。五华学院初建时，办文史研究会，以其为名誉会长，主讲“中国文学史导论”，颇受学生欢迎。钱穆与罗膺中、刘文典三人每逢星期六晚上，常聚在一起听滇中老艺人栗成之唱滇戏。钱穆喜爱艺术，对戏曲尤为钟情。滇戏在全国各地方戏中，与京戏最相近，三人听戏时，他不时就京戏与滇戏的异同得失作一评论。钱穆在昆明听栗成之唱戏，收获颇大，自谓：“栗之一步一坐一颦一叹，实莫不具有甚深工夫，妙得神情，有绝非言语笔墨之所能形容者。每逢其一次登台，余必得一次领悟。实为余再次赴滇一莫大之收获，亦为余生平一番莫大之欣悦也。”钱穆在五华任教之初，寓居翠湖公园，云南省立昆华图书馆即在公园内，所以他常去图书馆看书，以宋元明三朝诸禅师撰述，及金元两代之新道教为主，尤以后者翻览最详，撰有《读智圆闲居编》《金元统治下之新道教》二文，后来收到他晚年所编的《中国学术思想史论丛》中。1947年春，钱穆由翠湖公园迁居唐家花园。唐家花园为唐继尧故居，在昆明北门内圆通山，由李埏承租，环境清幽。钱穆播迁蜀中时就患有胃病，多年为苦。迁入唐家花园后，生活由李埏夫妇照顾，胃病稍得缓解。钱穆晚年在《师友杂忆》中回忆说：
余与李家同食，盖因李埏与乃义知余居翠湖惟膳食一事安排不佳，故为此计，由李埏妻亲任烹调。同桌五人，余乃俨如其家之老人。然而从此余之一日三餐遂获妥善之解决，余之体力乃亦日健。
李埏先生
又，唐家花园中有一西南文化研究室，为唐家藏书之地，与所租小院相距百步。钱穆每日看书、著述其中，甚为方便。唐园甚大，几占圆通山之半，佳木葱茏，曲径通幽。钱穆朝夕散步其间，起居安适，心境大快。他晚年回忆说：“余前半年在翠湖日亲水，此半年在唐氏家园乃日亲山，亦初来所未料也。”
在五华、云大任课期间，钱穆还为军官学校将校训练团讲“中国古代军事史”。抗战时他曾打算为西南联大的学生开设军事地理课，后因离滇入川而作罢。此次开设军事史课，终遂前愿。在此期间，他写有《春秋车战不随徒卒考》等论文，刊于李埏主持的《民意日报》“文史”副刊上。
1930年代前期，钱穆在清华兼课，结识了闻一多。闻一多是著名诗人、古文字学家，他曾多次以《诗经》《楚辞》中的问题与钱穆讨论。闻一多《古典新义》中关于“神仙”、《楚辞》的研究，常借助于《先秦诸子系年》的考证。长沙临时大学文学院居南岳时，两人又同住一室，彼此间讨论问学不断。西南联大期间，闻一多的思想日趋激进，对钱穆保守中国文化的言论大不以为然。特别是《国史大纲·引论》发表后，引起了闻一多的激烈批评，他把钱穆视为复古派的代表而加以攻击，甚至公开撰文骂他“冥顽不灵。”抗战胜利后，闻一多在昆明领导学生运动，为国民党当局所嫉恨。1946年7月，国民党特务在昆明暗杀了李公朴、闻一多两人，制造了骇人听闻的李、闻惨案。钱穆认为，闻一多与他学问途径虽有不同，仍不失为一书生。如果生在乾嘉时代，训诂考据，惟日孜孜，亦当成一以著述自见之学人。今逢乱世，惨遭杀戮，诚为当前一大悲剧。所以在云大任教期间，他亲赴其身亡之处，凭吊亡友。
钱穆多年患胃病，未能得到根治。有一友人说，人到老年，倍宜乡食，他听后觉得有理，认为自己的胃病，“当以居乡为得”。这时，无锡荣家创办江南大学，屡来相邀，于是决定离滇东归。